Основната цел на клиничната микробиология е изолирането, определянето вида на инфекциозния причинител и неговата чувствителност към антимикробни средства.
Лабораторията има възможност да прави микробиологична диагностика, посредством посявки и антибиограми, серологична диагностика при широк диапазон инфекциозни заболявания, както бактериални, така и гъбични. Доказват се причинителите на уроинфекции, полово предавани заболявания, диарийния синдром, инфекции на горни и долни дихателни пътища, раневи, кожни, ставни и други заболявания.