В отделението се извършва биопсична и аутопсионна дейност, като се обработват както хирургични така и инструментални биопсии. Хистологичната диагностика обхваща широк диапазон от хирургични, гинекологични, гастроентерологични заболявания, ЛОР. Цитологичната диагностика обхваща предимно гинекологични, гастроентерологични и кухинни течности.
Апаратурата включва микротом, замразяващ микротом и всички необходими апарати за дейността на отделението.
Отделението разполага с хладилна камера.